We wrześniu Mtawarira wraz z reprezentacją sięgnął po złoto Pucharu Trzech Narodów – południowoafrykański zespół wygrał pięć spośród sześciu swoich spotkań.
W listopadzie 2009 roku, tuż przed rozgrywanym w Tuluzie meczem Makhenkesi Stofile, Minister Sportu RPA publicznie zakwestionował prawo urodzonego w Zimbabwe zawodnika do reprezentowania Południowej Afryki. Wskazywał, że istnieją wątpliwości co do tego, czy Mtawarirze przysługuje prawo stałego pobytu oraz zezwolenie na pracę na terytorium RPA. Wyraził powątpiewanie, czy specjalna wiza jaką dysponował Zimbabweńczyk, powinna być przyznawana za osiągnięcia sportowe na polu rugby. Pomimo tego, że w owym czasie zawodnik miał już na swoim koncie rozegrane 22 mecze w kadrze na podstawie liberalnych przepisów IRB, podniesiono, że nie spełnia on rządowych przepisów wymagających od reprezentantów kraju posiadania obywatelstwa Południowej Afryki. Komunikat ministra został opublikowany w ogólnokrajowej prasie. W styczniu 2010 roku podobne zarzuty wysunęła komisja ds. sportu przy Zgromadzeniu Narodowym i jej przewodniczący Butana Komphela. Prawdopodobne wydawało się widmo deportacji rugbysty do Zimbabwe. Zawodnik został wycofany ze składu na nadchodzące mecze z Francją, zaś jego dalsze występy dla „Springboks” zostały tymczasowo zawieszone.