Z powodu krytyki następcy tronu Muhammada ibn Salmana zmuszony był do opuszczenia rodzinnego kraju – w 2017 przeniósł się do Waszyngtonu, gdzie rozpoczął współpracę z „The Washington Post”.

Zaginął 2 października 2018 po wejściu do saudyjskiego konsulatu generalnego w Stambule, w okolicznościach wskazujących na to, że został tam zamordowany.

Śmierć Według doniesień medialnych turecka policja dysponowała dowodami, że 2 października 2018 dziennikarz został na terenie konsulatu zamordowany przez kilkunastu saudyjskich agentów. Zdarzenie to wywołało protesty w wielu krajach i napięcia polityczne na linii Turcja–Arabia Saudyjska oraz Stany Zjednoczone–Arabia Saudyjska. Amerykański sekretarz stanu, Mike Pompeo, udał się ze specjalną wizytą do Rijadu, gdzie spotkał się z królem Salmanem oraz księciem Muhammadem i poinformował o zaniepokojeniu prezydenta Trumpa tą sprawą. Przez dwa i pół tygodnia władze Arabii Saudyjskiej odrzucały oskarżenia o zamordowanie Dżamala Chaszukdżiego, jednak w nocy z 19 na 20 października 2018 Saudyjska Agencja Prasowa (organ rządowy) przyznała, że Chaszukdżi został zabity w konsulacie w Stambule.