Tworzyła ona znaczącą część porannego śpiewu ptaków (ang. dawn chorus). Fletniki brązowouche zaczynały śpiewać o 5 rano, jeszcze przed wschodem słońca. Brak informacji o rozrodzie. W czerwcu 1985 odłowiono osobnika, który zdawał się być młodociany. Inny ptak był w listopadzie obserwowany, jak podaje owada innemu fletnikowi, najpewniej młodemu (miał nieco odmienny wzór upierzenia na głowie).
Status i zagrożenia IUCN uznaje fletnika brązowouchego za gatunek krytycznie zagrożony (CR, Critically Endangered) nieprzerwanie od 2000 roku (stan w 2025). Głównym zagrożeniem dla fletników brązowouchych jest niszczenie środowiska ich życia. W latach 80. XX wieku niemal cała wyspa Sangihe została wylesiona. Lasy pierwotne, w których występują fletniki, pod koniec XX wieku zajmowały 225–340 ha. Prócz tego ptaki są niepokojone przez ścieżki przecinające lasy oraz wycinkę pod miejsca na ogrody. Fletnik objęty jest ochroną, podobnie jak inny endemiczny gatunek Sangihe – lazurczyk (Eutrichomyias rowleyi). W 1999 ustalono, że lokalne społeczności zdają się respektować znaczenie chronionego lasu na górze Sahendaruman.