Wnętrze kościoła jest trzynawowe. Zostało zaprojektowane podczas przebudowy w XVIII wieku przez Antonio Canevari i Andrea Garagni. Sufit pochodzi z XVI wieku. Długość nawy głównej wynosi 44,3 m, jej szerokość to 14,68 m. W centralnej części nawy głównej znajduje się płyta upamiętniająca miejsce męczeństwa świętych Jana i Pawła. Płyta ta została położona w 1677 roku w miejscu usuniętego wtedy ołtarza.
W górnej części apsydy znajduje się fresk autorstwa Cristoforo Roncalli Chrystus w chwale z 1588 r. Poniżej natomiast Święci Jan i Paweł oddający swoje rzeczy ubogim, Męczeństwo świętych Jana i Pawła oraz Nawrócenie św. Terencjana, dzieła odpowiednio: Domenico Piastrini, Giacomo Triga i Pietro Andrea Barbieri z 1726 r. Stiukowe aniołki wykonał Pietro Bracci. W ołtarzu głównym autorstwa Francesco Ferrari znajduje się antyczny sarkofag z relikwiami świętych Jana i Pawła.