Prezbiterium i stalle Stalle w prezbiterium, wykonane są z drewna orzechowego. Według kanonika Josepha M. Farrugii, proboszcza kolegiaty w latach 1926–1942, pierwotnie ozdabiały one chór kapłański katedry w Mdinie. Obrazy po obu stronach prezbiterium, wiszące ponad stallami, są dziełem nieznanego artysty. Wspomniany już kanonik Farrugia twierdził, że są to kopie fresków z kościoła św. Grzegorza w Montecelio w Rzymie. Przedstawiają one męczeństwo św. Andrzeja oraz św. Elma. Mówi się, że obrazy te zostały zabrane z małego kościoła św. Andrzeja, stojącego kiedyś na historycznym nabrzeżu Birgu, obok hangaru dla łodzi, a zburzonego przez Zakon, aby postawić tam magazyny. Historyczna mównica (pulpit), stojąca w centrum prezbiterium, nosi czarno-biały emblemat inkwizycji. Pochodzi prawdopodobnie z początku XVIII wieku, używana była do śpiewu gregoriańskiego podczas sprawowania liturgii.
thumb|left|250px|Organy kolegiaty.
Galeria organowa Wspaniała galeria organowa powstała w latach 1880–1890. Ze względu na swój wygląd jest unikatem na Malcie. Jej projektantem był Vincenzo Seracino, którego projekt był uzupełnieniem otoczenia. Ornamenty i ozdoby galerii są złocone.