Ten rozdział w historii kościoła został zamknięty w 1571, kiedy zakon przeniósł się do Valletty, nowej stolicy, wybudowanej od podstaw po Wielkim Oblężeniu. W 1574, po wybudowaniu nowego kościoła w Valletcie, świątynia przestała być kościołem zakonnym. W tym samym roku Pietro Dusina, pierwszy delegat apostolski i inkwizytor, rezydujący w pałacu w Birgu, ogłosił go kościołem parafialnym Delegatów Apostolskich i Inkwizytorów. Służył on delegatom przez 224 lata, do 1798, kiedy instytucja ta została zniesiona przez Francuzów pod Napoleonem Bonaparte.
Pierwotnie kościół zbudowany został na planie prostokąta, lecz w latach osiemdziesiątych XVI wieku, po zbudowaniu kopuły, rozbudowany został do formy krzyża. Około 1620 powiększone zostało prezbiterium, oraz przebudowana fasada.
Nowy kościół W 1681 architekt Lorenzo Gafà został zatrudniony do zaprojektowania nowego kościoła. Był to pierwszy w jego karierze projekt kościoła parafialnego, oraz pierwszy w stylu barokowym. Kamień węgielny kościoła położył w maju 1681 biskup Miguel Jerónimo de Molina. W 1691 budowla była prawie ukończona. Inauguracja posługi religijnej w świątyni nastąpiła w dzień jej patrona, św. Wawrzyńca, 10 sierpnia 1697, przy udziale biskupa Malty Davide Cocco Palmieri, członków Zakonu oraz Tommaso Ruffo, ówczesnego inkwizytora.