W latach 1931–1934 wykładał patologię ogólną i doświadczalną. W dniu 31 sierpnia 1939 przeszedł na emeryturę. 6 listopada 1939 znalazł się w Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego i wraz z innymi pracownikami i profesorami UJ i AGH został aresztowany w czasie Sonderaktion Krakau. Ze względu na podeszły wiek i zły stan zdrowia uniknął wywiezienia do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Został zwolniony 9 listopada 1939. W czasie okupacji w ograniczony sposób był zaangażowany w tajne nauczanie w formie egzaminowania zgłaszających się kandydatów z patologii ogólnej. W lutym 1945 wobec złego stanu zdrowia kierownictwo katedry i zakładu Anatomii Patologicznej spoczęło w rękach docent Janiny Kowalczykowej.mały|Grób prof. Stanisława Ciechanowskiego
Od 25 stycznia 1895 był żonaty z Janiną Wańkowicz.
Zmarł w Krakowie. Pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera T-wsch). Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (30 kwietnia 1925)M.P. z 1925 r. nr 102, poz. 434 „za działalność organizacyjno-społeczną”. Złoty Krzyż Zasługi (11 listopada 1936) „za wybitne zasługi na polu nauki i wychowywania młodzieży w duchu patriotycznym, położone w latach 1905–1918”. Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości