Pod jego kierunkiem powstało wiele wybitnych planów zagospodarowania przestrzennego miast na Kielecczyźnie. Był m.in. współautorem szczegółowego planu zagospodarowania przestrzennego centrum Radomia, za który otrzymał nagrodę III stopnia Komitetu Budownictwa, Urbanistyki i Architektury oraz ogólnego planu zagospodarowania przestrzennego miasta Radomia, nagrodzonego nagrodą II stopnia ministra budownictwa i przemysłu materiałów budowlanych w 1965 roku. Osiedle XV-lecia w Radomiu, które zaprojektowane zostało przy jego udziale, jest uznawane za jedno z najwybitniejszych założeń urbanistycznych osiedla mieszkaniowego z lat 60. XX wieku. Wraz z powrotem do zawodu urbanisty Stefan Witkowski podjął pracę naukową. W 1964 roku otrzymał tytuł doktora nauk przyrodniczych po przedłożeniu rozprawy pt. Struktura geograficzna miasta Radomia w katedrze Geografii Ekonomicznej Uniwersytetu Wrocławskiego. Współpracował z Katedrą Geografii Ekonomicznej Uniwersytetu Łódzkiego. W 1968 roku na Uniwersytecie Łódzkim obronił rozprawę habilitacyjną pt. Urządzenia trwale w miastach na przykładzie zespołu miast województwa kieleckiego i otrzymał stopień doktora habilitowanego.