31 października objął w niej funkcję przewodniczącego. W sierpniu 1991 został aresztowany. 1 grudnia 1991 wybrano go na nowo utworzoną funkcję prezydenta z poparciem 90% (jako prezydent nadal stał na czele parlamentu). Mołdawia podjęła kroki zmierzające do nadania Gagauzji pewnej niezależności: w lipcu 1994 przyjęła konstytucję zapewniającą jej autonomię, a 23 grudnia 1994 nadała jej specjalny status prawny. Topal zgodził się na pokojowe przekazanie władzy w głosowaniu. 25 maja 1995 odbyły się pierwsze wybory gubernatora Gagauzji. Topal wziął w nich udział, nie przechodząc jednak do drugiej tury.
Od 1999 do 2002 pozostawał doradcą kolejnego gubernatora regionu, Dumitru Croitora. W 2001 bezskutecznie kandydował do mołdawskiego parlamentu w okręgu Komrat (jego lista nie przekroczyła progu). W 2002 należał do założycieli ruchu społecznego Za Gagauziu!