W okresie od 1 października 1914 do sierpnia 1916 był dyrektorem szpitala św. Ludwika. Równocześnie w sierpniu 1914 został powołany do służby wojskowej w Krakowie, jako dowódca szpitala fortecznego zwolniony z niej w grudniu 1918 r. Otrzymał w tym okresie kolejno rangę majora i podpułkownika. Po zakończeniu pierwszej wojny światowej zajmował nadal w okresie międzywojennym stanowisko kierownika katedry chorób dzieci Wydziału Lekarskiego UJ. W roku akademickim 1930–1931 był dziekanem Wydziału Lekarskiego. W 1931 został członkiem Polskiej Akademii Umiejętności, a w 1938 prezesem Krakowskiego Towarzystwa LekarskiegoJerzy Lisiewicz Ksawery Lewkowicz [w:] Polski Słownik Biograficzny tom XVII wyd. 1972 s.252.
6 listopada 1939 został aresztowany wraz z pozostałymi pracownikami UJ i AGH w ramach Sonderaktion Krakau i po trzech tygodniach pobytu w więzieniach w Krakowie i Wrocławiu trafił do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. W czasie pobytu w obozie znacznie podupadł na zdrowiu i z początkiem grudnia 1939 zachorował na grypę gorączkową, a następnie ostrą biegunkę. Do Krakowa powrócił w połowie lutego 1940 (po zwolnieniu z obozu 8 lutego) z ciężkimi objawami choroby głodowej.