Sprawozdanie z wizytacji z 1598 podaje informację o rozbiórce kościoła w kilka lat po obecności w parafii wizytatora. Widoczna dziś w kościele inskrypcja z 1604 informuje, że powodem rozbiórki była groźba zawalenia się. Zdaniem historyka Mieczysława Rokosza oraz regionalisty Antoniego Pogana budowę obecnego murowanego kościoła rozpoczęto po rozebraniu starego. Badacze wykluczają pożar. Uważają też, że kościół renesansowy powstał dokładnie w tym samym miejscu, gdzie stał gotycki drewniany. Prawdopodobnie nowy kościół, zbudowany w latach 1600–1604, powstał w jednym etapieT. Markiewicz, Duchowieństwo dekanatu Skała w świetle wizytacji z 1618 roku, „Archiwa, Biblioteki i Muzea Kościelne”, 94 (2010), s. 98, 100, 102, 104–107, 110–111..
Nowy renesansowo-barokowy kościół, został ufundowany przez niejakiego Jakuba Tomaszewskiego z odległych o 4 km Tomaszowic. Zdaniem Antoniego Pogana motywem hojności fundatora mogła być częsta obecność wyższych urzędników państwowych, którzy podróżowali przez Giebułtów na sejmiki do Piotrkowa Trybunalskiego, Łęczycy czy Nieszawy. Rzekomo dlatego wraz z Kacprem Giebułtowskim, przedsięwzięli budowę ze względów prestiżowych. Ksiądz Stanisław Bober, badając patronat św. Idziego w Polsce, dodał innych potencjalnych patronów nowego kościoła. Na pewno udział w inwestycji miał ówczesny proboszcz ks.