Służba 3 listopada 1916 roku dowództwo SM UC-36 objął por. mar. (niem. Oberleutnant zur See) , wcześniej dowodzący UB-10 i UC-4. Tego dnia okręt został przyjęty do służby w Cesarskiej Marynarce Wojennej. Po okresie szkolenia okręt został 3 lutego 1917 roku przydzielony do Flotylli Flandria. Z dniem 1 lutego, rozkazem szefa sztabu admiralicji niemieckiej z 12 stycznia tego roku, U-Booty należące do czterech flotylli Hochseeflotte, Flotylli Flandria i rozpoczęły nieograniczoną wojnę podwodną. Pierwszą misję bojową U-Boot przeprowadził w dniach 10 – 15 lutego przy wschodnim wybrzeżu Anglii. Podczas niej, 12 lutego okręt zatrzymał i zatopił nowy norweski szkuner z pomocniczym napędem spalinowym „West” (378 BRT), płynący z ładunkiem węgla z Kingston upon Hull do Le Tréport.
Kolejny rajd UC-36 przeprowadził między 15 a 28 marca, stawiając w kanale La Manche 2 zagrody minowe. 17 marca na pozycji na minę wszedł zbudowany w 1889 roku duński parowiec „Russia” (1617 BRT), płynący z Newcastle upon Tyne do Montevideo z ładunkiem węgla (w katastrofie zginęło czterech załogantów).