W latach 1924–1927 jako docent na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie prowadziła wykłady z etnografii i etnologii, a także ogromnie istotne dla niej badania terenowe, włączające studentów. W tym samym czasie prowadziła również lekcje w Państwowym Gimnazjum Żeńskim jako etatowa nauczycielka. W 1929 mianowana została profesorem nadzwyczajnym etnologii i etnografii na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Stefana Batorego. Na bazie swoich badań nad kulturą ludową Wileńszczyzny założyła przy uniwersytecie Muzeum Etnograficzne, tworząc pierwszą kolekcję wokół tkanin ludowych zebranych na wystawę w 1925 r. Opublikowała w tym czasie następujące prace: „Wskazówki dla zbierających przedmioty dla Muzeum Etnograficznego Uniwersytetu Stefana Batorego”, „Obrzędy weselne ludu polskiego jako forma dramatyczna”, „Zwyczaje weselne ludu polskiego”. W 1933 roku powzięto uchwałę o powołaniu Katedry Etnografii Polskiej na Uniwersytecie Warszawskim, na jej kierownika wyznaczono Cezarię de Baudouin de Courtenay. Rok później (1934) mianowana została profesorem zwyczajnym. W 1936 roku opublikowała: „Dwie kultury, dwie nauki” oraz „Folk Dances and Wedding Customs”.