W sierpniu zdołała wygrać tylko dwa mecze podczas wielkoszlemowego US Open - porażka w trzeciej rundzie z Szachar Pe’er (19 WTA) 4:6, 6:3, 6:7(5). Ponownie tylko dwa mecze (ćwierćfinał) zdołała wygrać w Moskwie - porażka z późniejszą finalistką Sereną Williams 4:6, 6:7(7). Spadła wówczas na 15. miejsce w rankingu. Do końca roku osiągnęła jednak dwa półfinały w Zurychu i Linzu, co pozwoliło jej zakończyć sezon na 12. pozycji.
2008 W styczniu 2008 roku doszła do ćwierćfinału Gold Coast, w którym niespodziewanie przegrała z Li Na 3:6, 3:6. Po raz trzeci z rzędu osiągnęła półfinał w Sydney, w którym przegrała ze Swietłaną Kuzniecową 5:7, 6:7(4). W czwartej rundzie Australian Open musiała uznać wyższość Sereny Williams, przegrywając 3:6, 4:6. Później zaczęła notować coraz słabsze występy. Porażki w pierwszych meczach w pięciu kolejnych turniejach: w Indian Wells z Casey Dellacquą (56 WTA) 1:6, 6:3, 4:6, w Miami z kwalifikantką Alisą Klejbanową (83 WTA) 4:6, 0:6, w Berlinie z Giselą Dulko (48 WTA) 6:4, 1:6, 2:6, w Rzymie z Jekatieriną Makarową (72 WTA) 4:6, 6:4, 2:6, we French Open z kwalifikantką Ivetą Melzer 6:7(2), 1:6, spowodowały spadek Vaidišovej w rankingu WTA Tour na 19 pozycję. Następny pojedynek wygrała dopiero w czerwcu w Birmingham. Wygrała dwa mecze, a przegrała w ćwierćfinale ze sklasyfikowaną na 81.