Wody Środkową część rezerwatu zajmuje Jezioro Długie Augustowskie. Ma ono nieregularny kształt, wydłużony ze wschodu na zachód. Akwen składa się z trzech odnóg (Wołowe, Kalejty, Ślepe), rozdzielonych długimi, wąskimi cyplami. Linia brzegowa jest silnie rozwinięta. Brzegi mają niezbyt strome krawędzie. Dostępne są w 80%, pozostałe części są zatorfione. Na jeziorze położona jest wyspa o pow. 0,25 ha porośnięta mieszanym drzewostanem z dominującą 80-letnią olszą i domieszką 125-letniej sosny.
W rezerwacie znajdują się też trzy jeziora dystroficzne, określane na Suwalszczyźnie jako suchary. Są to Jez. Ślepe I i Jez. Ślepe II w oddziale 165 obrębu Szczebra (płn.-zach. część rezerwatu) oraz jeziorko bez nazwy w oddziale 71 obrębu Przewięź (płd.-wsch. część rezerwatu).
Przez zachodnią część rezerwatu przebiega rzeczka Dłużanka, wypływająca z Jeziora Długiego i wpadająca do rzeki Blizna.