W następstwie strzelaniny w kościele w Charleston Shapiro utrzymywał, że „współcześnie flaga Konfederacji nie powinna być eksponowana na terenie państwa w miejscach publicznych, ale doskonale nadaje się do przedstawiania w postaci wojennego pomnika”.
Transpłciowość Shapiro jest krytyczny wobec osób transpłciowych. W college’u w Michigan, dyskutując o zagadnieniach dotyczących transpłciowości z kobietą na widowni, Shapiro spytał ją, ile ma lat. Odpowiedziała, że ma 22 lata. Shapiro następnie zapytał ją: „Dlaczego nie masz 60 lat? Z jakiego powodu nie możesz się utożsamić z 60-latką?” Shapiro stwierdził później: „Nie możesz w magiczny sposób zmienić swojej płci. Nie możesz magicznie zmienić swojego wieku”. Podczas wywiadu z Danem Harrisem z ABC’s Nightline we wrześniu 2017 r. Shapiro opisał transpłciowość jako zaburzenie psychiczne i utożsamił je z dysforią płciową.
Ofiara antysemityzmu Po opuszczeniu Breitbart News Shapiro bywał często ofiarą antysemickiej retoryki ze strony skrajnej prawicy. Według analizy przeprowadzonej w 2016 roku przez Ligę Przeciwko Zniesławieniu Shapiro był najczęstszym celem antysemickich tweetów wśród dziennikarzy.