W okresie XVI wieku Chihuahua była rzadko zaludnionym przez Hiszpanów regionem a ich kontrola nad nią była raczej iluzoryczna.
XVII stulecie przyniosło do regionu wzrost aktywności gospodarczej kolonizatorów co było spowodowane głównie rozwojem górnictwa. Efektem tego były liczne powstania indiańskie. Rosło także napięcie pomiędzy właścicielami hacjend a górnikami, którzy chcieli wykorzystywać Indian do pracy w kopalniach. Aktywna działalność prowadził Kościół katolicki dążący do nawrócenia lokalnych plemion na chrześcijaństwo.
W wojnie o niepodległość Meksyku właściciele ziemscy oraz posiadacze kopalń wsparli Koronę Hiszpańską. Wraz z uzyskaniem suwerenności i ogłoszeniem tzw. Planu z Iguala, który zachowywał przywileje kreolskich posiadaczy ziemskich przedstawiciele Chihuahua zdecydowali się przystąpić do federacji stanów meksykańskich. W 1821 r. od Chihuahua odłączyło się Durango, z którego utworzono nową prowincję. Chihuahua uzyskała status stanu w 1824 r. Pierwsza konstytucja stanowa została przyjęta w 1825 r.