Po zajęciu dworu przez Niemców jesienią 1940 r. mieścił się w nim ośrodek wypoczynkowy dla oficerów Wehrmachtu. Bartodzieje stały się centrum kilkusethektarowego latyfundium. Administracja majątku „Wehrmachtsgute Bartodzieje” znajdowała się poza budynkiem dworu, w którym zamieszkał jedynie nadzorca ogrodów i szklarni, które znajdowały się w najbliższym sąsiedztwie folwarku. Główny zarządca gospodarstwa inspektor Geiss – z pochodzenia Austriak i pozostali urzędnicy mieszkali w domach pozostawionych przez gospodarzy wysiedlonych ze wsi. Po załamaniu się niemieckiego frontu wschodniego dwór zmieniono na wojskowy szpital. W okresie, kiedy w Bartodziejach przebywali Niemcy, dwór nie uległ większym zniszczeniom, najbardziej ucierpiał gdy hitlerowcy już go opuścili, a nowej władzy jeszcze nie było. Wnętrza zniszczono, a co się dało rozkradziono.
Janowscy powrócili do Bartodziej pod koniec 1944 r. Majątku nie objęła reforma rolna, gdyż był już zbyt mały, aby podlegać parcelacji. Do dworskiej oficyny wprowadzono pocztę i posterunek, później również policjanta z rodziną. Przez trzy lata w działał tu dom pracy twórczej. Ponieważ szklarnia przynosiła nieduże dochody, przeprowadzono jedynie remont dachu dworu.
Gospodarstwo przejął syn Józefa Tadeusz, który w 1980 r.