Po powrocie do kraju wykładał na Wydziale Rolniczym UJ jako wykładowca kontraktowy. W 1933 został mianowany zastępcą profesora, a w 1936 profesorem nadzwyczajnym. W tym czasie szczególnie interesował się statystyką i ekonomią rolnictwa. W latach 30. związany był z Chłopskim Stronnictwem Radykalnym, a potem przystąpił do Obozu Zjednoczenia Narodowego.
Po wybuchu II wojny światowej się brał udział w aprowizacji Uniwersytetu Jagiellońskiego zarządzając gospodarstwem doświadczalnym w Mydlnikach. Szybko jednak został usunięty z gospodarstwa, które zostało zajęte przez władze niemieckie. 6 listopada 1939 został aresztowany wraz z innymi profesorami i pracownikami UJ i AGH w ramach Sonderaktion Krakau, trafił do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. W obozie przebywał w bloku nr 46, który znajdował się pod opieką blokowego Adolfa Dobschatta – w przeciwieństwie do pozostałych blokowych z szacunkiem traktującego więźniów. Schmidt jako osoba świetnie władająca językiem niemieckim był wykorzystywany przez blokowego do tłumaczenia na język polski zarządzeń, prowadzenia katalogu, wypełniania ankiet. Wpływ na zdrowie Schmidta miał trwający pół dnia apel na 30-stopniowym mrozie 18 stycznia 1940. W jego wyniku nabawił się ciężkiego zapalenia pęcherza i jelita grubego.