Kontrowersje W 2024 roku został wezwany w charakterze świadka przez sejmową Komisję Śledczą ds. wykorzystania oprogramowania Pegasus. Było to związane z jego działaniami w Departamencie Spraw Rodzinnych i Nieletnich Ministerstwa Sprawiedliwości. Podczas posiedzenia komisji 13 maja 2024 odmówił złożenia przyrzeczenia i opuścił wraz ze swoim pełnomocnikiem Markiem Markiewiczem salę, w chwili gdy komisja miała przejść do zadawania pytań.
W październiku tego samego roku Monika Horna-Cieślak, rzecznik praw dziecka, złożyła do prokuratury zawiadomienie w związku z możliwym przekroczeniem uprawnień i nieprawidłowościami w działaniach Pawlaka w sprawie nielegalnego wywozu 5–letniej dziewczynki do Kanady.
Poglądy O zapłodnieniu pozaustrojowym in vitro uważa, że „To, co sygnalizowałem, co wynika ze światopoglądu, z wykształcenia, z wiary to jest jedno, to co jest prawem, to drugie, ale to należy możliwie łączyć dla dobra. I to ma dotyczyć nie tylko tych dzieci poczętych i narodzonych, ale ma też dotyczyć godności tych dzieci poczętych i nienarodzonych, zamrożonych na przykład.