Od 1945 pełniła obowiązki asystenta, od 1948 starszego asystenta, w 1949 uzyskała stopień doktora medycyny na podstawie pracy Badanie cytologiczne płynu komory przedniej. W kwietniu 1955 po uzyskaniu habilitacji otrzymała tytuł docenta, w 1976 uzyskała tytuł profesora. Pod koniec lat 40. XX w., utworzyła w klinice Pracownię Widzenia Obuocznego, ze specjalnością choroby zezowej. W latach 1963–1976 była kierownikiem Katedry i Kliniki Okulistycznej i Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Warszawie, gdzie jako pierwsza w Polsce i Europie wprowadziła leczenie laserowe i utworzyła pierwszą w kraju pracownię diagnostyki ultradźwiękowej.

Zofia Falkowska jest autorką podręcznika dla studentów medycyny Okulistyka (PZWL, 1978), była współredaktorem czasopisma „Klinika Oczna” i wiceprezesem Polskiego Towarzystwa Okulistycznego.

W 1980 czynnie angażowała się w działalność społeczno-politycznąZofia Falkowska.

Pochowana na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 183-2-19).

Ordery i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi Warszawski Krzyż Powstańczy Medal 10-lecia Polski Ludowej (13 stycznia 1955) - Uchwała Rady Państwa z dnia 13 stycznia 1955 r. nr 0/114 - na wniosek Ministra Zdrowia. Odznaka 1000-lecia Państwa Polskiego