U zarania swego istnienia Filipów stanowił ośrodek arian (braci polskich) w Wielkim Księstwie Litewskim. Starosta Krzysztof Morsztyn gościł tu Fausta Socyna, włoskiego teologa, twórcy socynianizmu. W 1594 Krzysztof Morsztyn założył w Filipowie zbór ariański. Od założenia zboru do 1610 jego przełożonym i kaznodzieją był Jan Völkel, zaś w 1609 kaznodzieją był Andrzej Wiszowaty senior. W 1608 w Filipowie urodził się najwybitniejszy myśliciel arianizmu, Andrzej Wiszowaty, syn Stanisława Wiszowatego i Agnieszki Socyn. Po opuszczeniu funkcji starosty przez Krzysztofa Morszyna w 1623 arianizm w Filipowie zaczął zanikać.
Rozwój Filipowa został zahamowany na skutek zarazy w latach 1624–1626 oraz pożaru w 1635. Kolejne zniszczenia przyniosła przegrana przez wojska polskie bitwa pod Filipowem w 1656 w czasie potopu szwedzkiego oraz kolejne zarazy w 1657 i 1661.