Szew między kośćmi nosową a czołową był w mniejszy, równocześnie w większym stopniu zaostrzony ku przodowi niż u krewnych Catopsbaatar. thumb|Fotografie stereo ukazujące prawie kompletną czaszkę dorosłego osobnika PM 120/107 z góry, z boku i od spodu Kość szczękowa była rozległa, budowała większą część boku pyska. Nosiła wszystkie górne zęby prócz siekaczy. Otwory podoczodołowe były u jednych osobników szczelinowate, u innych zaś okrągłe. Ich liczba wahała się od 1 do 3. Jedną z najbardziej charakterystycznych cech twarzy Catopsbaatar stanowił bardzo duży przedni grzebień jarzmowy na boku szczęki, stanowiący miejsce przyczepu mięśni poruszających żuchwą. Przerastał wysokością swe odpowiedniki u innych Djadochtatheriidae z wyjątkiem Djadochtatherium, różniąc się odeń kształtem raczej półokrągłym niż mniej więcej trapezoidalnym (u innych rodzajów grzebień był eliptyczny). Przedni brzeg przedniego grzebienia jarzmowego był pogrubiony, tworząc wybrzuszenie po boku pyska, widoczne z boku i z góry. Dolna część szwu pomiędzy kośćmi szczękową i łuskową rozciągała się wzdłuż tylnej granicy przedniego grzebienia jarzmowego. Wyrostki podniebienne kości szczękowej tworzyły większą część podniebienia. Otwór podniebienny większy miał płytkie bruzdy kierujące się ku przodowi.