Był dwukrotnie żonaty – jego pierwszą żoną była pomorska szlachcianka Elisabeth von Dessen (ślub w 1587 roku), a drugą Gertruda Gossen (ślub w 1596 roku). Z pierwszą żoną miał trzech synów, a z drugą czworo dzieci. Zmarł przed 1623 lub w 1633 roku.
Heinrich Uphagen (1590–1640) Najstarszym synem Arnolda i Elisabeth był Heinrich urodzony w Gdańsku w 1590 roku. Był podobnie jak ojciec kupcem i obywatelem gdańskim. Sołectwo w Mierzeszynie odsprzedał szwagrowi. W 1615 roku ożenił się z Elisabeth Königk, z którą miał troje dzieci. Zmarł w 1640 roku.
Johann (Hans) Uphagen (1620–1701) Najstarszym synem Heinricha i Elisabeth był Johann (Hans) urodzony w Mierzeszynie w grudniu 1620 roku. Był złotnikiem. Tytuł mistrzowski uzyskał w 1648 roku, a dwa lata później obywatelstwo gdańskie. Był starszym cechu w latach 1674 i 1678. Był współwłaścicielem spichrza Pelikan a także dworu i ogrodu w Pieckach. Z żoną Magdaleną Baudewin miał jedenaścioro dzieci. Zmarł 24 listopada 1701 roku i został pochowany w kościele Świętej Trójcy.