Apsyda Ołtarz główny znajduje się w apsydzie kościoła, pozostałości kościoła Nawiedzenia. Wykonany jest z kamienia; na jego podstawie płaskorzeźba Agnus Dei. Przed tym ołtarzem stoi, wykonany przez rektora ks. Karma Galeę, współczesny drewniany ołtarz. Na ścianie za ołtarzem umieszczony jest obraz tytularny, którego autorem jest Toussaints Busuttil.
Obrazy Po obu stronach ołtarza znajdują się dwa małe obrazy tego samego malarza; jeden przedstawia wizytę Maryi Panny u św. Elżbiety, drugi zaś św. Annę. Oba wykonano dla przypomnienia średniowiecznego kościoła Nawiedzenia. Przy głównych drzwiach od wewnątrz widnieje obraz Ojca Przedwiecznego i postaci Ducha Świętego w kształcie gołębicy, namalowany przez tego samego artystę.
Pochówki Oryginalna podłoga kościoła wykonana była z płyt wapiennych. W 1952 wymieniono je na marmurowe. W czasie prac odkryto szczątki zmarłych, pochowanych dawnym zwyczajem w kościele. Pochówki sięgały od prezbiterium aż do połowy kościoła. Zostały one pozostawione w miejscach, w których je odkryto.