Obecny ołtarz główny jest w stylu klasycznym. Wykonany został z drewna cedrowego, dawniej złoconego, obecnie srebrzonego – w 1803 roku biskup Bartolomé María de las Heras Navarro podarował srebro, którym pokryto ołtarz. W pewnej odległości za ołtarzem głównym stoi ołtarz w przeszłości pełniący funkcję głównego. Ten starszy ołtarz jest wykonany z drewna olchowego.
W świątyni znajduje się krucyfiks nazywany Señor de los Temblores (w keczua Taytacha Temblores). Uważa się, że uspokoił on trzęsienie ziemi w Cuzco 31 marca 1650 roku. Prawdopodobnie krucyfiks ten został wykonany w Peru przez lokalnych artystów z różnych materiałów (m.in. włókien agawy i gipsu) około 1570 roku. Ukrzyżowany Chrystus ma kolor czarny, ale barwa ta nie jest oryginalna, lecz powstała w wyniku działania dymu ze świec oraz pyłku z czerwonych kwiatów ñuk’chu, którymi krucyfiks jest dekorowany podczas procesji w Poniedziałek Wielkanocny.
Najbardziej znanym obrazem w katedrze jest Ostatnia Wieczerza autorstwa Marcosa Zapaty.