Ołtarze w kościele pierwotnie były barokowe, obecnie część z nich zastąpiły ołtarze w stylu neoklasycznym.
W kościele znajduje się 14 kaplic bocznych:
Kaplica Nuestra Señora de la EsperanzaW kaplicy tej znajduje się stara chrzcielnica oraz wizerunek Nuestra Señora de la Esperanza, który jest noszony podczas procesji w Wielkim Poście i Wielkim Tygodniu.
Kaplica świętej RodzinyW kaplicy znajdują się polichromowane rzeźby przedstawiające Jezusa, Maryję i św. Józefa, a na ścianach dwa duże obrazy: św. Piotra i św. Pawła. Dawniej kaplica ta należała do cechu cieśli.
Kaplica Virgen de la Antigua (Królów)W neoklasycznym ołtarzu kaplicy znajduje się obraz Virgen de la Antigua przypisywany Matías Maestro.
Kaplica peruwiańskich świętychKaplica ta poświęcona jest świętym pochodzącym z Peru lub z Peru związanym: św. Róży z Limy, św. Marcinowi de Porrès, św. Janowi Macias oraz św. Franciszkowi Solano. Znajduje się tu również grobowiec arcybiskupa Emilio Lissóna, którego proces beatyfikacyjny jest w toku.