Od północy znajdowały się podcienie na filarach, a bryłę zdobiła attyka nad centralną, podzieloną półkolumnami częścią fasady oraz arkadowe otwory pomiędzy tymi półkolumnami.
Według Jarosława Zielińskiego na krótko przed II wojną światową w miejscu drewnianego dworca zaprojektowanego przez Jakimowicza wystawiono kolejny budynek, tym razem murowany.
Przez większość istnienia z dworca odjeżdżały pociągi na północ do Jabłonny (od grudnia 1900) i na południe do Wawra (od stycznia 1901), a po przedłużeniu linii do Karczewa (od kwietnia 1914).
W 1943, w czasie okupacji niemieckiej, nazwę stacji zmieniono na Warschau Weischelbahnhof (pol. Warszawa Wisła). Niemcy zrealizowali tam kilka znaczących inwestycji. W grudniu 1943 otwarto łącznicę ze stacji Warszawa Most na kolei jabłonowskiej do stacji Targówek na kolei mareckiej, łącząc je w sieć. Zamontowano obrotnicę, zainstalowano semafory świetlne (unieruchamiając istniejące semafory kształtowe) oraz zbudowano skład opału dla parowozów, magazyn oleju i piaskownicę. W celu zwiększenia kontroli pasażerów, a przede wszystkim utrudnienia ucieczek szmuglerom żywności, stacja została częściowo ogrodzona.