Po zakończeniu wojny przez kolejne dwie dekady prowadził wykopaliska archeologiczne na terytoriach Majów. Ponadto kierował pracami konserwatorskimi i dawał wykłady w USA na temat swoich znalezisk. Chociaż zaangażowany był głównie w pracach w Chichén Itzá, to przyjął także obowiązki doglądania wykopalisk w innych miejscach takich jak: Yaxchilan, Coba, Copán, Quiriguá, Uxmal, Naranjo, Seibal i Uaxactun. Pod koniec lat 20. Carnegie Institution, który finansował badania zaczął krytykować Morleya za przekraczanie kosztów, harmonogramów, a także za jakość niektórych opracowań badawczych. Ostatecznie w 1929 roku kierownictwo nad programem przekazano Alfredowi Kidderowi, a Morley skoncentrował się na badaniach w Chichén Itzá.
W 1940 roku projekt został zakończony, a Morley wraz ze swoją drugą żona Frances wyprowadził się z Hacienda Chichén, gdzie mieszkali przez wiele lat do Hacienda Chenku. W 1946 roku został mianowany dyrektorem School of American Archaeology i Museum of New Mexico w Santa Fe.