Markarfljót – rzeka w południowej Islandii o długości 100 km i powierzchni dorzecza 1070 km² (inne źródła podają 1200 km²). Należy do największych rzek na wyspie.
Jej źródła znajdują się na wyżynach islandzkich. Powstaje na wysokości około 750 m n.p.m. z połączenia kilku strumieni wypływających z masywu górskiego Rauðafossafjöll oraz wzniesień otaczających dolinę Reykjadalir (częściowo w obszarze chronionym Fjallabak). Dalej płynie generalnie w kierunku południowym, choć zmienia co jakiś czas swój bieg, omijając kolejne masywy górskie (np. Laufafell). W górnym biegu przyjmuje liczne dopływy, wypływających z okolicznych pasm górskich. Wypływając z części wyżynnej pokonuje kanion Markarfljótsgljúfur o głębokości 200 m. Poniżej kanionu przyjmuje liczne rzeki i strumienie lodowcowe z topniejących lodowców Tindfjallajökull, Mýrdalsjökull i Eyjafjallajökull. Jedynym znaczącym dopływem w tej części jest rzeka Krossá.