W nowo otwartej siedzibie Kahaneman mianował rabina Szmuela Rozowskiego na stanowisko dziekana, a kilka lat później, na stanowisko rosz jesziwy (głównego rabina jesziwy) rabina Dowida Powarskiego.
W latach 90. XX wieku wybuchł konflikt o przywództwo jesziwy, który stał się przedmiotem publicznych sporów między dwoma liderami szkoły: rabinem Szmuelem Markowicem (mężem wnuczki założyciela jesziwy) i rabinem Eliezerem Kahanemanem (wnukiem założyciela). Spór spowodował gorącą atmosferę w szkole i nawet brutalne starcia między studentami. Od tego czasu szkoła pozostaje podzielona, czego skutkiem są dwie jesziwy w tym samym budynku ze studentami mieszkającymi w różnych akademikach, chociaż studiującymi w tej samej sali i spożywającymi posiłki w tej samej sali jadalnej.
Na czele jesziwy Kahanemana stoją rabin Gerszon Eidelstein i Berel Povarski, syn rosz jesziwy rabina Dowida Powarskiego, oraz rabini Chaim Szlomo Leibowicz i Chaim Perec Berman – wnuk Steiplera i zięć rabina Kahanemana. Drugiej jesziwie przewodzi rabin Szmuel Markowic, wspierany przez Aszera Deutcha i rabina Elijahu Eliezere Desslera.