Carlos Diegues próbował przetrwać ten trudny okres, nawiązując współpracę z TV Cultura, a także pracując przy produkcji reklam, wideoklipów i filmów dokumentalnych.
W kolejnych latach powstały jego filmy, oparte na wielkich dziełach brazylijskiej literatury: Tieta do Agreste (1996), Orfeu (1999) i Deus é Brasileiro (2002). W 2006 roku wyreżyserował pierwszy film, do którego również sam napisał scenariusz – O Maior Amor do Mundo. W tym samym roku we współpracy z Rafaelem Dragaudem powstał też film dokumentalny Nenhum motivo explica a guerra, opowiadający historię zespołu AfroReggae.
Zasiadał w jury sekcji „Cinéfondation” na 63. MFF w Cannes (2010). Przewodniczył obradom jury Złotej Kamery na 65. MFF w Cannes (2012).
Nagrody i odznaczenia Nagrody i odznaczenia podane są za stroną internetową reżysera: Oficer Orderu Sztuki i Literatury Członek Cinémathèque Française Komandor Orderu Rio Branco (jedno z najwyższych odznaczeń państwowych w Brazylii) Medal Pedro Ernesto, przyznany przez Câmara de Vereadores do Rio de Janeiro (radę miejską Rio de Janeiro)