Po II wojnie światowej budynek przejął Uniwersytet Mikołaja Kopernika, lokując w nim Bibliotekę Główną.
W 1945 roku reaktywowano Muzeum Miejskie. W 1965 roku zostało przemianowane na Muzeum Okręgowe w Toruniu. W 1959 roku założono Muzeum Etnograficzne.
Muzea Muzeum Okręgowe w Toruniu – miejska instytucja kultury wpisana do Rejestru Instytucji Kultury. Jej organem założycielskim jest Gmina Miasta Toruń. Zostało założone w 1861 roku jako Städtisches Museum. Pod obecną nazwą działa od 1965 roku. Główna siedziba Muzeum mieści się w Ratuszu Staromiejskim przy Rynku Staromiejskim 1. Muzeum Okręgowe dzieli się na siedem działów: Dom Mikołaja Kopernika (przy ul. Mikołaja Kopernika 15/17, założone w 1960 roku) Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu (przy Rynku Staromiejskim 35, założone w 1970 roku) Muzeum Historii Torunia (przy ul. Łaziennej 16, założone w 1989 roku, do 2011 roku funkcjonujące pod nazwą Dom Eskenów) Muzeum Podróżników im. Tony’ego Halika (przy ul. Franciszkańskiej 9/11, założone w 2003 roku) Muzeum Toruńskiego Piernika (przy ul. Strumykowej 4, założone w 2015 roku) Muzeum Twierdzy Toruń (przy ul. Wały Generała Sikorskiego 23/25, założone w 2020 roku) Muzeum Etnograficzne im. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej – muzeum etnograficzne założone w 1959 roku, wydzielone z Muzeum Miejskiego.