Był współtwórcą czasopisma naukowego Zapiski Towarzystwa Naukowego w Toruniu, którego pierwszy numer ukazał się w 1908 roku.
Najważniejszą pozycją w dorobku naukowym, wieńczącą ponad 40-letnie badania, były Dzieje Prus KrólewskichDzieje Prus Królewskich. (wydane już po śmierci autora) oraz gruntowne studium nad początkami sieci parafialnej na Pomorzu Nadwiślańskim Kto założył parafie w dzisiejszej diecezji chełmińskiej?Kto założył parafie w dzisiejszej diecezji chełmińskiej? – wersja zdigitalizowana w Kujawsko-Pomorskiej Bibliotece Cyfrowej..
W 1900 Uniwersytet Jagielloński w uznaniu zasług nadał księdzu Kujotowi tytuł doktora honoris causa.
Aktywnie uczestniczył w stowarzyszeniach religijnych i świeckich między innymi w Bibliotece Obywateli Polskich Ziem Zachodnich, Komitecie dla Szkół Elementarnych, Towarzystwie Św. Wincentego i innych.
Bibliografię prac ks. Stanisława Kujota zestawił ks. Paweł Czaplewski, wówczas proboszcz w Szynychu w powiecie chełmińskim. Ks. Dr Stanisław Kujot, [...] mąż niewątpliwie najwięcej około historjografji diecezji chełmińskiej zasłużony, przytem wzorowy duszpasterz i wytrawny pedagog, [...] – taką charakterystykę wystawił księdzu Stanisławowi Kujotowi urodzony w Chełmży ks. Tadeusz Glemma.