Zgnilizna wewnętrzna – zgnilizna występującą w przyrdzeniowej części pnia, lub drewna okrągłego. Barwa porażonego drewna gatunków iglastych jest ciemna, a liściastych zazwyczaj jaśniejsza od barwy drewna normalnego. W dalszym stadium rozwoju zgnilizna wewnętrzna przybiera postać zgnilizny miękkiej, w przypadkach krańcowych – zwłaszcza w odziomkowej części pnia – przechodzi w dziuplę.
Zgniliznę wewnętrzną w drzewach iglastych wywołuje najczęściej wrośniak korzeniowy (Heterobasidion annosum) oraz wrośniak sosnowy (Porodaedalea pini). Są to grzyby pasożytnicze rozwijające się w drewnie drzew żywych; zgniliznę miękką, wywołaną ich rozkładową działalnością w drewnie sosnowym, określa się mianem huby. W ściętym lub obrobionym drewnie iglastym, zwłaszcza sosnowym, zgniliznę wewnętrzną wywołuje często grzyb twardziak łuskowaty. Spotyka się go często na sosnowych podkładach kolejowych, w których powoduje rozkład nieprzesyconej impregnatami twardzieli; stąd w nadano mu nazwę „grzyb podkładowy".
W drewnie liściastym zgnilizna wewnętrzna powstaje tylko pod wpływem grzybów pasożytniczych, rozwijających się w drewnie żywych drzew;