W latach 2005–2014 był kierownikiem Katedry Biochemii na Wydziale Biologii i Biotechnologii UWM w Olsztynie. W tym okresie w Katedrze nastąpił szybki rozwój, zarówno badań naukowych, jak i poprawa jakości kształcenia. Dużym osiągnięciem było zorganizowanie przez Niego pracowni proteomicznej. W ostatnich latach kierowania Katedrą wyraźnie wzrosła liczba prac opublikowanych w czasopismach z listy filadelfijskiej o wysokim IF. Katedra Biochemii znalazła się na pierwszym miejscu na Wydziale, a Wydział Biologii i Biotechnologii oceniono najwyżej spośród wszystkich wydziałów UWM w Olsztynie. Wydział otrzymał też uprawnienia do doktoryzowania na kierunku biotechnologia oraz, jako jedyny w Polsce, może poszczycić się wyróżniającą oceną instytucjonalną w dziedzinie nauk biologicznych.

Działalność naukowa profesora Weidnera w dużym stopniu skupia się wokół zagadnień związanych z fizjologią, biochemią i biologią molekularną nasion. Jest kontynuatorem tradycji olsztyńskiej szkoły fizjologii i biochemii nasion, której założycielami byli między innymi tacy wybitni profesorowie jak: Stanisław Grzesiuk i Krzysztof Kulka.