Następnie w latach 1997–2000 pełnił funkcję kierownikiem Zakładu Projektowania Obiektów Biurowych i Energooszczędnych, później kierownikiem Zakładu Projektowania Architektury Energooszczędnej. Od roku 2000 do 2003 był kierownikiem Katedry Architektury i Przekształceń Przemysłu oraz od roku 2000 do 2002 był też kierownikiem Zakładu Metodyki Projektowania Architektury Proekologicznej. Od roku 1999 do 2001 był członkiem Senackiej Komisji ds. Godności Honorowych.
Lisik wprowadził do programu nauczania nowe przedmioty: „Projektowanie Architektury Energooszczędnej” i „Projektowanie Obiektów Motoryzacyjnych”. Promotor 14 prac doktorskich, recenzent 32, 6 habilitacyjnych i kilkunastu wniosków o profesora i profesora nadzwyczajnego.
Jest autorem około 300 zrealizowanych obiektów architektonicznych o zróżnicowanych przydatnościach użytkowych, do których należą między innymi domy sakralne (autorstwo ponad 30 kompleksów sakralnych zrealizowanych w kraju i za granicą), mieszkalne wielorodzinne oraz jednorodzinne. Większość projektów i ich realizacji była eksponowana w kraju i poza granicami.