Tutaj stał się wybitnym historykiem, profesorem Uniwersytetu Lwowskiego, założycielem Towarzystwa Historycznego i „Kwartalnika Historycznego”A.F. Grabski, Zarys historii historiografii polskiej, wyd. 3, Poznań 2010, s. 134., wieloletnim dyrektorem Archiwum Krajowego Aktów Grodzkich i Ziemskich we Lwowie, prekursorem i organizatorem badań historycznych, cenionym wykładowcą i kierownikiem seminarium z historii powszechnej, na którym zapoznawał studentów z najnowszymi metodami badań, m.in. w zakresie dyplomatyki i paleografiiA. Kawalec, Seminarium historii powszechnej Ksawerego Liskego. Lista studentów i prac seminaryjnych, „Galicja. Studia i materiały”, 1, 2015, s. 358., uczył odczytywać i poddawać krytycznemu rozbiorowi źródła średniowieczne.
Wydał tom II i następne od roku 1870 "Akt Grodzkich i Ziemskich" z fundacji hrabiego A. Stadnickiego.
Pod jego kierunkiem rozwijały się takie indywidualności jak: Oswald Balzer, Wiktor Czermak, Ludwik Finkel, Stanisław Lukas, Saturnin Kwiatkowski, Antoni Prochaska, Adam Szelągowski. Wraz z Ludwikiem Finklem, Szymonem Askenazym i Stanisławem Zakrzewskim należał do wielkich organizatorów nauki historycznej, twórców polskiej historiografii neoromantycznej, przeciwstawiającej się pesymizmowi Krakowskiej Szkoły Historycznej.