W 1903 był prezesem Towarzystwa Historycznego we LwowieEugeniusz Barwiński, Towarzystwo historyczne 1900-1914, w: Kwartalnik Historyczny, rocznik LI, zeszyt 1-2, Lwów 1937, s. 19.. W 1906 został prezesem założonego wówczas Towarzystwa Miłośników Przeszłości Lwowa. W ostatnim okresie życia był bibliotekarzem w Bibliotece Pawlikowskich we Lwowie. Trzy tygodnie przed śmiercią z okazji 80 urodzin na Uniwersytecie Franciszkańskim nadano mu tytuł doktora honoris causa. Miasto uczciło jego pamięć, nadając jego imię ulicy w centrum Lwowa (obecnie ul. Romana Szuchewycza).
Został pochowany na cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie. Jego rękopisy wzbogaciły lwowskie Ossolineum.
Jego żoną od 1875 była Leona z domu Trzcińska herbu Pobóg (1853–1934), z którą miał dwóch synów TomaszaLudwik Kubala Kurier Lwowski 1918 nr 455 s.3 i Wawrzyńca (1885–1967, doktor praw, wiceprezydent Lwowa) i dwie córki: Marię i Jadwigę PróchnickąNekrologia Ludwik Kubala Czas 1918 nr 438 z 3 października. Był stryjem braci Władysława (1891–1941, podpułkownik intendentury) i Kazimierza (1893–1976, major pilot) Kubalów.
Wybrane publikacje Stanisław Orzechowski i wpływ jego na Rzeczpospolitę wobec reformacji XVI wieku : rzecz historyczna (1870, wyd.