Według zeznań świadków, Daniela widziano po raz ostatni około 14:10 na Nambour Connection Road pod wiaduktem Kiel Mountain Road. Autobus, którym chłopiec miał jechać, zepsuł się kilka kilometrów przed przystankiem i był z tego powodu opóźniony. Kiedy nadjechał autobus zastępczy, Morcombe próbował go zatrzymać, ale kierowca minął go ze względu na opóźnienie oraz na fakt, że był to jedynie nieoficjalny przystanek na żądanie. Kierowca autobusu nadał do dyspozytora wiadomość, by wysłano po chłopca kolejny autobus. Kierowca i inni świadkowie zeznali później, że widzieli dwóch mężczyzn – jednego stojącego bliżej Daniela, a drugiego nieco dalej. Po trzech minutach nadjechał kolejny autobus, lecz nikogo już nie zastał na przystanku.
Śledztwo Morderstwo Daniela Morcombe’a było jedną z najdokładniej badanych spraw w historii stanu Queensland. Do dnia 12 grudnia 2008 r. zaoferowano łączną nagrodę za pomoc w rozwiązaniu sprawy w wysokości miliona dolarów australijskich: 250 tysięcy dolarów zaoferował rząd, a pozostałe 750 tysięcy przekazały osoby prywatne. Część nagrody przekazanej prywatnie straciła ważność o północy 31 maja 2009 roku. Tego samego dnia sieć telewizyjna Seven Network doniosła, że skazywany już wcześniej za pedofilię podejrzany (zidentyfikowany przez media jako Douglas Jackway) może być zamieszany w sprawę.