Proces 7 lutego 2014 r. Cowan został postawiony przed sądem. Oskarżono go o morderstwo, czyny nieobyczajne wobec nieletniego poniżej 16. roku życia oraz bezczeszczenie zwłok. Proces w Sądzie Najwyższym stanu Queensland rozpoczął się 10 lutego 2014 r. i prowadzony były przez sędzię Roslyn Atkinson. Prokuratura zakończyła przedstawianie oskarżenia 7 marca. 116 świadków złożyło zeznania, a ponad 200 przedmiotów przedstawiono jako dowody rzeczowe. Cowan nie przyznał się do winy i odmówił składania zeznań. 13 marca 2014 r. Cowan został uznany winnym wszystkich zarzutów. Cowan miał dwa wcześniejsze wyroki za przestępstwa związane z molestowaniem dzieci. 14 marca 2014 r. został skazany na dożywocie z możliwością zwolnienia warunkowego po 20 latach. Został również skazany na trzy i pół roku więzienia za nieobyczajne czyny wobec Morcombe’a i dwa lata za zbezczeszczenie jego zwłok. Te wyroki miały być odbywane jednocześnie. Po ogłoszeniu wyroku sędzia Roslyn Atkinson powiedziała: „Uważam, że nie powinno ci przysługiwać zwolnienie przed upływem 20 lat”, co będzie mogło mieć wpływ na długość jego kary. Cowan odwołał się od wyroku do Sądu Apelacyjnego w Queensland pod przewodnictwem sędzi Margaret McMurdo, domagając się unieważnienia wyroku skazującego.