Upamiętnienie Podczas walnego zgromadzenia członków Bratniej Pomocy, które odbyło się 15 maja 1947 roku na dziedzińcu Biblioteki Jagiellońskiej (Collegium Maius) Józefowi Trojanowskiemu przyznano pośmiertnie odznaczenie "bene meritus"Życie bratniackie studentów UJ Dziennik Polski 1947 nr 131 s. 4. Zgodnie ze statutem BP było ono przyznawane członkom BP, którzy podczas pełnienia funkcji szczególnie się zasłużyli dla organizacji.
27 września 2002 roku z inicjatywy Stowarzyszenia Ne Cedat Academia na ścianie budynku przy ul. Podwale 2 umieszczono pamiątkową tablicę. Umieszczono na niej tekst : "Podczas okupacji hitlerowskiej w tym budynku miała siedzibę Bratnia Pomoc Studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego pod przywództwem Józefa Trojanowskiego (1923-1946) Bratniak współdziałał z władzami UJ w organizacji konspiracyjnego nauczania. Tutaj odbywały się pierwsze tajne komplety polonistyczne (27.IV.1942) i prawnicze (16.X.1942). Podziemne nauczanie uniwersyteckie objęło ponad 1000 studentów wszystkich wydziałów UJ. Jednym z nich był Karol Wojtyła, obecny Papież Jan Paweł II.