W czasie okupacji wraz z drem Januszem Królikowskim założył w Warszawie Miejską Szkołę Ogrodniczo-Rolniczą II stopnia i był jej dyrektorem. Wykładali w niej profesorowie i asystenci SGGW (27 osób) oraz innych uczelni (7 osób), zaś uczniami byli studenci wyższych uczelni warszawskich. W laboratoriach szkoły studenci tajnych kompletów SGGW i Wydziału Medycznego Uniwersytetu Warszawskiego odbywali ćwiczenia z chemii i botaniki. Profesor włączył się również w akcję pomocy Żydom. Działalność tę przerwało aresztowanie w dniu 30 stycznia 1943 roku przez gestapo.
Profesor Rostafiński był przetrzymywany na Pawiaku. Nie przyjął zaproponowanej współpracy z okupantem, lecz mimo to został zwolniony. Powtórnie aresztowano go 8 grudnia 1943 r. wraz z żoną i córką w związku z działalnością synów Rostafińskich w ruchu oporu (AK, uniknęli aresztowania).
Dnia 25 maja 1944 r. został wysłany w transporcie więźniów z więzienia na Pawiaku do obozu koncentracyjnego Stutthof. Żona i córka, z którymi został aresztowany, zostały wywiezione początkowo do obozu Ravensbrück, a później do obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie.