Wraz z kardynałem François Guillaume de Clermontem spotkał się z Ludwikiem XII, który mianował go biskupem Cremony, bez zgody papieża. W 1510 roku został wezwany do Rzymu, ze względu na skargi bolończyków, a także, dlatego że Juliusz II chciał wynegocjować pokój z Wenecją. Wiosną 1510 roku Alidosi ponownie został mianowany legatem w Bolonii, pomimo zdecydowanego sprzeciwu mieszkańców. Bolończycy podejrzewali kardynała o spiskowanie z Francją, dlatego, 7 października 1510 roku Franciszek Maria I della Rovere pojmał go, skuł kajdanami i odstawił pod osąd papieski, pod zarzutem zdrady stanu. Juliusz II dał mu szansę na usprawiedliwienie i przyjął jego wyjaśnienia, a następnie mianował administratorem apostolskim Bolonii. Trzy tygodnie później książę Urbino ponownie aresztował Alidosiego, znajdując przy nim listy świadczące o jego działalności szpiegowskiej i nielegalnym handlu z królem francuskim i księciem Ferrary (z którym Państwo Kościelne było w stanie wojny). Mimo tego papież ponownie uwolnił legata i przywrócił mu honory.