Litwini, dominujący liczebnie, posiadający znaczną przewagę w broni maszynowej i wyposażeni w dużą ilość granatów ręcznych (działających demoralizująco na niezaprawionych w walce powstańców), po dwugodzinnej walce zdołali przełamać opór polskich obrońców. Oddziały powstańcze zostały wyparte do rynku, skąd podwodami i pieszo wycofały się w kierunku Krasnopola. Na jednej z ulic poległ w rozpaczliwej walce, dowodzący obroną miasta pchor. Wacław Zawadzki (awansowany pośmiertnie na ppor.). Powstańcy po zorganizowaniu się, o godzinie 9.00 rozpoczęli kontratak, między innymi oskrzydlając miasto oddziałem kawalerii. Po zaciętych walkach, około godziny 11.00 odzyskali miasto, zastając w nim zwłoki dobitych rannych powstańców i zamordowanego polskiego aptekarza oraz obrabowane domy polskich mieszkańców. Dopiero wieczorem 26 sierpnia do Sejn wkroczyły pierwsze pododdziały 5 kompanii 41 Suwalskiego Pułku Piechoty. Po przybyciu kolejnych kompanii, żołnierze pułku i powstańcy odparli powtórne litewskie uderzenie na Sejny w dniu 28 sierpnia. Wojska litewskie wycofały się poza tzw. linię Focha, która została ustalona jako linia rozgraniczenia sił polskich i litewskich.