Ze względu na wysokie ceny materiałów budowlanych, prace nad budową kościoła zostały wstrzymane na lata 1990–1994. Po otrzymaniu oficjalnego zezwolenia pod koniec 1994, teren pod budowę wytyczono 13 marca 1995, a już osiem dni później rozpoczęto kopanie fundamentów. 20 października 1996 nastąpiło uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego, którego dokonał biskup diecezjalny Alfons Nossol. Budową zajmowali się Dominikanie, w tym: Józef Kostecki, Edward Olech, Stanisław Obara i Sylwester Laskowski.
Opolski biskup pomocniczy Jan Bagiński 10 maja 1998 poinformował Radę Parafialną o zamiarze opuszczenia Prudnika przez Dominikanów. Ich pożegnanie odbyło się na uroczystej mszy w kościele św. Michała Archanioła 21 sierpnia 1999. Odtąd budowę kontynuowali księża diecezjalni. Nowa prudnicka parafia pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego została erygowana 2 sierpnia 1999 na mocy dekretu biskupa Alfonsa Nossola, a jej proboszczem został ks. Piotr Sznura. Prace budowlane przy nowym kościele były kontynuowane z pomocą wiernych z dekanatów: Prudnik, Biała, Głogówek, Głuchołazy, Koźle, Krapkowice, Niemodlin, Prószków, Zawadzkie, a także z parafii św.