Kościół został zaprojektowany przez Feliksa Księżarskiego. Budowa rozpoczęto w 1853 roku od poświęcenia 17 sierpnia kamienia węgielnego. Z czasem z budową kościoła związała się legenda. Zanotował ją ok. 1950 r. Jan Pluciński, pracujący wówczas w Chochołowie jako nauczyciel: Opowiadają, że kościół w Chochołowie został zbudowany za pieniądze, co były przewiezione bez pomyłke w beczce zamiast wina. Prziwiózł je chłop z Siziny (Sidziny - przyp.), dzieciom pokupiół hrube gazdowstwo, a cenść co została oddoł ksiendzu poprzednikowi Blaszyńskiego z tym, że wybuduje sie kościół w Sizinie. Pinionsków było chmara, ze Blaszyński za nie mógł spokojnie wybudować 2 kościoły. Jedyn w Sizinie, a drugi w Chochołowie.
Ksiądz Blaszyński kierował i finansował prace do 1866 roku, kiedy to zginął w tragicznym wypadku na terenie budowy. Jego dzieło kontynuował (pomimo licznych przeciwności) ksiądz Tomasz Kossek, wikariusz i przyjaciel Blaszyńskiego. On również zlecił wykonanie wymalowania wnętrza świątyni krakowskiemu malarzowi Waleremu Eljaszowi. Kościół ostatecznie ukończono po 20 latach, w roku 1873.