Po ukończeniu studiów doktoranckich na Uniwersytecie Łódzkim w 1974 r. rozpoczęła pracę na stanowisku adiunkta. Następnie, do 1995 r., pracowała na stanowisku dr hab., po czym do 2009 pełniła funkcję profesora nadzwyczajnego. W 2009 r. uzyskała tytuł naukowy profesora nauk ekonomicznych.
Dorobek naukowy Bożena Mikołajczyk stworzyła kierunek badawczy poświęcony małym i średnim przedsiębiorstwom (MSP). Jako współautorka pierwszej w Polsce książki o tej tematyce (Ekonomika i zarządzanie małą firmą, wyd. PWN, 1999), za którą otrzymała nagrodę zespołową MEN, Bożena Mikołajczyk stworzyła na Uniwersytecie Łódzkim Katedrę Finansów i Rachunkowości MSP, której przez wiele lat była kierownikiem. Wieloletnie zainteresowania Bożeny Mikołajczyk problematyką mikro, małych i średnich przedsiębiorstw pozwoliły na przygotowanie monografii Infrastruktura finansowa MSP w krajach Unii Europejskiej, która została wydana w 2007 r. przez wydawnictwo Difin. Stała się ona podstawą do wszczęcia postępowania o nadanie tytułu naukowego profesora. Tematyka w niej zawarta pozwala na syntezę własnych różnorodnych, wcześniejszych i aktualnych badań związanych z otoczeniem finansowym badanego segmentu przedsiębiorstw w krajach Unii Europejskiej.
Wypromowała co najmniej dziewięcioro doktorów, m.in.