Dwukrotnie, w latach akademickich 1874/1875 i 1881/1882, pełnił obowiązki dziekana Wydziału Prawa.
thumb|200px|Nagrobek Jakuba Girtlera na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, kwatera 19 Zmarł nagle 28 marca 1887 w Krakowie. Jego pogrzeb odbył się 31 marca bez udziału duchowieństwa katolickiego, ponieważ zmarły był znanym zwolennikiem ruchu starokatolickiego. Został pochowany w rodzinnym grobowcu na cmentarzu Rakowickim. Rektor Uniwersytetu, hrabia Stanisław Tarnowski nie wydał wtedy zgody na reprezentację uczelni z oficjalnymi insygniami akademickimi w czasie uroczystości pogrzebowych, co wywołało falę protestów i krytyki. Ostatecznie, 6 kwietnia 1887 roku, Senat UJ przyjął pod nieobecność rektora większościową uchwałę, że w przyszłości na każdym pogrzebie profesora ma być obecna asysta z berłem rektorskim i dziekańskim.
Publikacje W swojej działalności naukowej przejawiał także aktywność publicystyczną. Był autorem kilku rozpraw, w tym:
Wspomnienia o prawie magdeburskim w Polsce, Pamiętnik Wydziału Prawa i Administracji w Uniwersytecie Jagiellońskim.