Sytuacja była tym trudniejsza, że macocha i trzecia żona ojca Edwarda, Antonina z Żelisławskich Kaczkowska nie była przychylna dziedzicowi i dążyła do podziału majątku po zmarłym mężu.
Na domiar złego Edward Kaczkowski chorował na gruźlicę, która wówczas była chorobą śmiertelną. Po licznych konsultacjach lekarskich, w ramach profilaktyki wyjeżdżał do uzdrowisk, głównie na południe Europy. Jednym z miejsc, w których przebywał w latach 1865–1867 były Eaux-Bonnes, Biarritz i Pau. Ostatecznie kosztowne wyjazdy w niczym nie pomogły, a kończące się pieniądze i groźba popadnięcia w długi zmusiły Kaczkowskiego do powrotu do kraju. Gdy wrócił okazało się, że rodzinny majątek będzie podlegał licytacji. Po przegraniu sprawy sądowej i utraceniu Bełchatowa, Edward Kaczkowski przebywał u krewnych w Podłężycach i Opojowicach, po czym udał się na kurację do Szczawnicy, gdzie jego stan zdrowia drastycznie się pogorszył. Pod koniec sierpnia 1868 r. najprawdopodobniej wyjechał z uzdrowiska i udał się do Krakowa, gdzie zmarł w Szpitalu św. Łazarza.